Получится. Ничего не мешает использовать хоть 50 баз одновременно. просто будет несколько коннектов (в общем случае как минимум два - один к "системной" базе, где настройки и пользователи, другой - к тематической, к которой относится запрашиваемая страница). И конечно же их придется указывать при выполнении запросов.

Честно говоря, не совсем понимаю практический смысл разделения на разные БД. Базе ведь в принципе все равно, сколько в ней таблиц, 20 или 500. И от того, будет у вас 10 баз с 500 таблицами в сумме или будет одна с этими же 500 таблицами - ничего особо не изменится. Эти вопросы успешно решаются средствами распределения нагрузки между серверами в самой БД. Кроме того, вы получите возможность использовать зависимости (скажем при удалении пользователя - автоматически удалить все связанные с ним объекты, в том числе тематические, непосредственно средствами БД).

В случае с несколькими БД вы конечно получаете их независимость друг от друга, но зато добавляется еще один коннект на каждую подключаемую базу и увеличивается количество телодвижений для осуществления выборок из нужной базы.