Для пропела есть плагин sfPropelSqlDiffPlugin, который умеет генерировать разницу меджу текщуй моделью и текщей базой для того чтобы не писать изменения вручную в базу а выполнить все одним запросом

для доктрины такого не нашел

есть migrations но как этим пользоваться, я так и не понял

зы. пользуюсь 1.4